長期以來，理學院為一所大學必備的學院，任何一所國內外一流的大學，莫不擁有一流的理學院。
理學院訓練學生能以科學基本原理來解釋自然界的各種現象，若能再與實驗結果相結合，將可使學生日後投入於科技產業；或為高科技產業提供相關諮詢與服務時，有能力解決所面臨的困難。 現今，各大學理學院將不再侷限於純科學理論的探索，也不只是追求人類心智上的 滿足。除了顧及傳統科學基礎理論之教學與研究外，亦趨使大學科學教育能配合現 代科技產業的需求。從大學理學院訓練出來的學生，除了科學理論基礎完備外，亦能適應產業界的實務工作。

基於上述之理念，本校依序於2000年設立「應用數學系」、2001年成立「應用化學系」、「生命科學系」、2002年設置「應用物理學系」、「生物科技研究所」。待設立之基礎完備後，2003年設置「統計學研究所碩士班」、2006年設置「應用數學系與應用化學系碩士班」及「統計學研究所博士班」，2007年通過「應用數學系博士班」與「應用物理學系碩士班」之招生，以提昇科學學術研究質量，培育出更高科技的人才。除了前述設立之基礎規模外，期能於未來完成學系日間制博士班、跨領域學位學程及專業研究中心的建置，以符合科技教育國際潮流與產業需求。

除了前述設立之基礎規模外，院系所亦積極於未來幾年內能完成碩博士班〈如應化、應物、生科博士班)和跨領域專業學程及研究中心〈生物科技、綠色光電〉的建置，以符合國際潮流與產業需求。

※ 生命科學系與生物科技研究所於102年8月1日起，合併為生命科學系(碩士班)。